Wichtigstes Aufsichtsgremium ist der Rundfunkrat, der die Interessen der Allgemeinheit vertritt. Er hat derzeit 32 Mitglieder, darunter zwei Vertreter der Stadtgemeinden Bremen und Bremerhaven sowie maximal zehn Repräsentanten der politischen Parteien, die in Fraktionsstärke in der Bremischen Bürgerschaft vertreten sind. 21 der Mitglieder sind von einem festgelegten Kreis entsendungsberechtigter Organisationen gewählt, vier weitere vertreten ebenfalls gesellschaftlich relevante Gruppen und verfügen über »besondere Kenntnisse« in bestimmten Bereichen wie Medienwirtschaft und Medientechnik.
Das zweite Gremium, der vorwiegend mit ökonomischen Befugnissen ausgestattete Verwaltungsrat, zählt neun Mitglieder, darunter drei von den Beschäftigten der Anstalt gewählte.
Radio Bremen leitete bis Ende April 1999 ein Direktorium, das aus einem Intendanten als Vorsitzendem und drei Direktoren bestand. Die Mitglieder des Direktoriums waren vom Rundfunkrat auf fünf Jahre gewählt worden. Mit einer Gesetzesänderung, die zum 30.4.1999 in Kraft getreten ist, wurden die Befugnisse des Intendanten bzw. der Intendantin, der/die seither die Anstalt leitet und »die Verantwortung für den gesamten Betrieb der Anstalt und für die Programmgestaltung« trägt, zulasten des Direktoriums gestärkt.
Die Anstalt gliedert sich in eine trimediale Programmdirektion sowie eine Direktion für Unternehmensentwicklung und Betrieb, die Produktion, Technik und Verwaltung umfasst. 2016 waren bei Radio Bremen im Durchschnitt 212 Stellen (Vorjahr 211) besetzt.
